İkiz kardeşler olan Page ve Turner, babalarının kitaplarını onlardan daha çok önemsediğini düşündükleri için koleksiyonundaki en nadir bulunan kitabın ne kadar değerli olduğunu öğrenmek isterler. Ancak beklenmedik bir şekilde bu nadir kitabı kaybederler ve yardım için gizemli Gece Kütüphanecisine başvururlar. Bu andan itibaren ikizlerin başına beklenmedik olaylar gelir; çünkü kütüphane raflarındaki kitaplarda biriken büyü patlama noktasına ulaşmıştır. Bayan Literati’nin yardımıyla, kardeşler kitap karakterlerinin kendi hikâyelerinden kaçma çabalarını görür. Bu kaçışları durdurmak zorunda olan ikizler, sayfalar arasında başlayan savaşı önlemek için bir maceraya atılırlar. Bu süreçte Peter Pan'den Nana, Define Adası’ndan Jim Hawkins, Alice Harikalar Diyarında’nın Alice’i gibi pek çok tanınmış karakterle iş birliği yaparak kütüphaneyi tamamen yok olmaktan kurtarmaya ve babalarının kitabını bulmaya çalışırlar.
